Để có những sản phẩm đạt chất lượng nhằm sớm thay thế các sản phẩm của quy trình cũ, kịp thời phục vụ người tiêu dùng cả nước, Mekong đã tiến hành xây dựng nhà máy từ đầu năm 2005 với quy mô nhà xưởng rộng, trang thiết bị hiện đại và dây chuyền sản suất khép kín trong diện tích 19.000 m2 tọa lạc tại xã Đức Hòa Hạ, huyện Đức Hòa, tỉnh Long An.
Công ty Mekong đã tiếp cận với công nghệ sản xuất nước tương sạch và an toàn của Viện Phát triển Công nghệ và Đào tạo TPHCM do Giáo sư Chu Phạm Ngọc Sơn, Tiến sĩ Nguyễn Thị Ánh, Phó Giáo sư - Tiến sĩ Nguyễn Xích Liên và Chủ nhiệm công trình nghiên cứu Thạc sĩ Đỗ Việt Hà hướng dẫn quy trình. Sau thời gian sản xuất, thử nghiệm và kiểm nghiệm rất nhiều mẫu, Công ty Mekong đã sản xuất thành công dòng sản phẩm nước tương đảm bảo an toàn chất 3 – MCPD theo tiêu chuẩn Bộ Y tế.